2016학년도 도내 30개 고등학교 입학정원은 ▲평준화지역 일반고 3382명 ▲비평준화지역 일반고, 일반고 보통과, 자율형공립고 2477명 ▲특수목적고 180명 ▲특성화고 1894명 등 총 7933명이다.

신입생 모집은 전기(특수목적고·특성화고·일반고 특성화과)와 후기(평준화지역 일반고, 비평준화지역 일반고, 자율형 공립고)로 나누어 실시한다.

전기모집을 하는 학교는 제주과학고·제주외고·남녕고(체육과, 이상 특수목적고), 서귀포산업과학고·제주고·제주여상·중문고·한국뷰티고·한림공고(이상 특성화고), 성산고·영주고·제주중앙고·함덕고(이상 일반고 특성화과)다.

전기모집을 실시하는 학교는 학교별 전형 일정에 따라 12월 3일까지 합격자를 발표한다. 전기모집의 경우 1개교만 지원이 허용되며, 전기 고등학교에 합격하면 입학등록 여부에 관계없이 후기 고등학교에 지원할 수 없다.

후기모집을 하는 학교는 제주일고·제주중앙여고·사대부고·오현고·대기고·남녕고·신성여고·제주여고(이상 평준화지역 일반고), 남주고·대정고·대정여고·삼성여고·서귀포고·세화고·애월고·표선고·한림고(이상 비평준화지역 일반고), 성산고·영주고·제주중앙고·함덕고(이상 비평준화지역 일반고 보통과), 서귀포여고(자율형 공립고)다.

후기모집을 실시하는 일반고의 원서접수기간은 12월 8~10일이며, 선발고사는 12월 18일 치러진다. 합격자 발표는 비평준화지역 일반고가 12월말까지 학교별로 진행되며, 평준화지역 일반고는 내년 1월 8일 이뤄진다.

특성화고는 내신 성적만으로 신입생을 선발하지만 특성화고의 '취업자특별전형'은 11월 23일 응시원서를 접수하고 서류전형과 면접을 거쳐 11월 26일 합격자를 발표하며, 탈락하더라도 특성화고 일반전형에 지원이 가능하다.

특목고인 제주과학고와 제주외고는 학생부, 자기개발계획서, 교사 추천서, 면접 등을 통한 '자기주도 학습 전형'으로 학생을 선발한다.

후기 모집하는 일반고들은 내신성적과 선발시험을 각 50%씩 반영해 남녀구별없이 선발한다.

고입 선발고사는 한국교육과정평가원이 체육을 제외한 9개 과목 중학교 전 학년, 전 범위에서 골고루 출제한다. 올해 처음 적용되는 자유학기제 연구학교에 대해서는 자유학기를 제외한 학년별 별도의 반영비율을 적용하여 내신을 산출한다.