자동차세는 연 2회 납기로 6월과 12월에 부과되며, 후불제라고 생각하면 쉽다. 1월~6월까지의 소유에 대한 자동차세를 6월에, 7월~12월까지의 소유에 대해서는 12월에 부과되며, 각각의 납기는 6월 16일~6월 30일, 12월 16일~12월 31일이다. 단, 연 세액이 10만원 미만일 경우에는 이미 6월 1기분에 납부했기 때문에 2기분에는 부과가 되지 않으며 주로 영업용 차량이나 경차가 해당된다. 자동차세의 부과 기준에서 볼 때 다른 지방세와의 가장 큰 차이점은 과세 기준일의 유무로 볼 수 있는데 자동차세와 관련하여 납세자들이 가장 많이 궁금해 하는 부분이다. 자동차세는 과세기준일이 없고 취득 시점부터 납기일까지 일할 계산되는데, 예를 들어 11월 1일에 자동차를 취득하면 11월 1일~12월 31일까지의 소유에 대해서만 자동차세가 부과된다.

중간에 폐차하거나 타인에게 이전을 했을 때도 자동차 소유기간 만큼만 부과가 되는데 이때 보통은 폐차하거나 이전하는 순간에 바로 세금이 나오지 않고 약 한 달 뒤에 ‘수시분 고지서’로 받게 된다. 혹시 납세자 입장에서 6월이나 12월 정기분이 아닌 다른 달에 수시분 자동차세 고지서를 받게 되면 그것은 자동차를 폐차했거나 소유권을 이전한 경우이니 당황할 필요가 없다.

세율은 영업·비영업용, 배기량, 적재정량, 승차정원에 따라 구분된다. 비영업용 차량 기준으로 배기량이 1,000cc이하인 경우 cc당 80원, 1,600cc이하인 경우 cc당 140원, 1,600cc 초과인 경우 cc당 200원이며 계산된 세액에 지방교육세 30%가 함께 부과된다. 또한, 자동차 최초 등록 이후 차령이 3년이 되는 해부터 매 해5%씩 경감이 되어 차령이 12년에 도달하면 최대 50%까지 경감 받게 된다.

자동차세의 납부 방법은 다양하다. 사실 모든 지방세의 납부 방식이 전보다 더욱 편리해졌다. 고지서를 통해서 은행에서 전자납부번호로 납부하거나 제주시 세무과 및 재산세과, 읍·면·동 주민센터에서 신용카드로 직접 납부할 수도 있으며 가상계좌, 신용카드ARS(1899-0341), 위택스 홈페이지 납부 등 다양한 납부 편의제도를 이용할 수 있다.

만약 세액이 높아 한꺼번에 납부하는 것이 어렵다면 신용카드 무이자 할부 혜택을 노려볼 만도 하다.