제주시는 어업생산성이 낮고 정주여건이 불리한 어촌지역의 경제활성화를 위해 지원하는 조건불리지역 수산직불제 사업에 대해 신청 접수한 2248어가 중 2058어가를 선정해 13억3700만원 지급했다. 

어가 당 지원 금액은 65만원이며 이 중 30%는 마을공동기금으로 조성해 의무이행을 위한 경비, 어촌마을 주민의 복리향상 비용 등으로 사용할 수 있다.

지원 대상어가 선정은 어업경영체로 등록하고 사업대상인 조건불리지역에 거주하며 어업을 주업으로 해 연간 120만원이상의 수산물 판매 실적 또는 60일 이상 어업에 종사하는 어가 중 전산시스템을 통해 제외 대상 어가를 검증하고 선정했다. 

한편 제주시는 수산직불금 전산시스템을 통해 부정수급을 방지하고 있다.