제주시가 지방세 면제 법인에 부과한 과점주주 취득세가 정당하다는 대법원 판결이 나왔다. 

지난 2017년 제주시는 과점주주 취득세 세무조사를 통해 제주선박등록특구에 등록한 국제선박을 보유한 법인에 취득세를 부과했다. 

선박등록특구란 선박등록 활성화를 위해 지정된 지역에 외국선박이 등록할 경우 지방세 및 농어촌특별세 등을 면제 혹은 감면해 주는 제도다. 제주도는 지난 2002년4월 발효된 제주특별법에 의해 제주선박등록특구로 지정됐고 '지방세특례제한법 및 농어촌특별세법, 지방세법'에 따라 등록된 외국선박에 대한 취득세와 재산세, 지역자원시설세, 지방교육세 및 농어촌특별세를 면제해 주고 있다.

해당 법인은 국제선박으로 취득세를 감면받았으니 해당 법인이 과점주주가 되더라도 그 역시 취득세 감면대상이라며 취득세 부과처분 취소 소송을 제기했다. 그러나 대법원은 지방세특례제한법상의 감면이 적용되더라도 과점주주의 취득세까지 동일하게 적용받을 수 없다고 판단하며 지난 1월 제주시의 손을 들어줬다. 

이번 대법원 판결로 제주시는 지방세 7억7000만원을 지켰고 나아가 전국 사례로 전파되며 과점주주 취득세 추징에 대한 정당성과 탄력을 받게 됐다. 

제주시 관계자는 “앞으로 지방세 탈루 및 누락세원을 발굴 조사를 체계적으로 추진하고 지방세 관련 소송에도 적극적으로 대처해 세입관리에 만전을 기하겠다”고 밝혔다.