제주교역 고 전 대표이사에 대한 업무상 배임 고소사건의 공식 출발시점은 2004년 10월 26일.
제주교역은 이날 임시이사회를 열어 전임 대표가 재직 중 초래한 손실에 대한 민.형사 책임을 묻기로 했다.
이어 제주교역은 법인 명의로 전 대표를 업무상 배임 혐의로 제주지검에 고소장을 제출했다.

제주교역은 같은 날 제주지방법원에 전 대표이사를 상대로 회사가 입은 손실 10억989억원에 대한 손해배상 청구소송을 제기했다.
현재 쟁점이 되는 부분(고소장 중심)은 고 전 대표의 계약위반 혐의 여부와 부당지시 혐의여부 등이다.
한편 고 전 대표는 "나름대로 경영상 이익을 내기 위해 최선을 다했다"고 진술했다고 검찰은 말했다.

계약위반 혐의여부

제주교역은 아태수산과 계약을 체결, 제주교역을 대리해 원양수산업체가 어획한 어획물 입찰에 참가해 수산물을 인수한 뒤 이를 저장, 판매할 수 있도록 했다.
당시 제주교역과 아태수산은 외상거래의 경우 2억원을 초과하지 않고 외상판매 때 대금은 10일 이내에 결재하도록 계약했다.

그런데 고소장에 의하면 이 계약에 따라 거래가 시작된 이후 고 전 대표는 2000년 12월 30일께 계약상 2억원 외상한도를 초과, 아태수산이 10억106만원상당의 어류(고기)를 외상으로 판매할 수 있도록 지시했다는 것이다.
또 고 전 대표는 이 과정에서 채권보전 조치 없이 거래토록 함으로써 아태수산에게 10억989백만원의 재산상 이익을 얻도록 했다는 것.
이후 아태수산은 부도의 길을 걷게 된다.

부당지시 혐의여부

제주교역은 고 전 대표이사가 아태수산 대표인 권모씨와 '개인적인 관계' 때문에 실무진이 여러 차례 채권회수조치를 건의했으나 아무런 대책 없이 계속적인 거래를 지시했다고 고소장에서 주장했다.
이 혐의가 사실일 경우 고 전 대표가 실무진의 건의를 수용했었다면 최소한 손실확산은 막을 수 있었다는 점이다.

특히 제주교역 실무진은 2001년 3월 20일 아태수산과 대표 권씨의 신용상태를 확인하기 위해 신용정보회사에 신용정보를 의뢰한 결과 권씨에게 구형 승용차 한대 밖에 없다는 회신을 접수, 고 전 대표이사에 거래중단을 건의했으나 묵살당한 채 계속적인 거래가 이뤄졌다고 강조했다.

더욱이 고 전 대표는 아태수산 부도 직전일인 2003년 1월 22일께에도 고기 구입대금을 아태수산에 송금토록 지시했다고 덧붙였다.
이밖에 제주교역은 고 전 대표가 채권회수를 지연시킨 혐의도 받고 있다고 주장했다.