새로 사업을 시작하는 자는 사업을 개시한 날부터 20일 이내에 사업자 등록을 해야 불이익을 피할 수 있다. 등록이 늦을 시 받을 수 있는 불이익은 다음과 같다.

▲가산세 부담

 사업자가 사업을 개시한 날부터 20일 이내에 사업자등록을 신청하지 않은 경우에 해당한다.  사업을 개시한 날부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 매출액에 대해 1%(단, 간이과세자는 매출액의 0.5%와 5만원 중 큰 금액)을 가산세로 부담해야 한다.

▲매입세액 불공제

 사업을 개시하기 전이라도 실내장식을 하거나 비품 등을 구입할 수 있다. 하지만 내부공사가 완료되거나 비품 등을 구입한 날이 속하는 과세기간이 끝난 후 20일이 지나서 사업자 등록을 신청하는 경우에는 그 매입세액을 공제받을 수 없다.

 만약 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록·신청한 경우 등록 신청일로부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 매입세액은 공제가 가능하다.

 예컨대 7월 20일 사업자등록을 신청한 경우는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 해당하므로 상반기의 매입세액을 전부 공제받을 수 있다.