유네스코는 전 세계 세계유산의 보존 관리 상태를 점검하기 위해 각국으로부터 6년마다 정기보고서를 제출받는다. 
등재된 세계유산이 시간이 경과한 후에도 세계유산으로서의 가치를 유지하고 있는지 점검하는 절차이다. 
주요 내용은 15개 항목 299개 설문으로 구성되며 세계유산의 탁월한 가치에 대한 보존 상태와 영향 요인, 세계유산의 보호·관리를 위한 모니터링과 보전을 위한 재정 및 인적 지원, 연구 조사 진행, 교육과 방문객 관리 등에 관한 내용이 포함된다. 
세계유산본부는 세계자연유산으로서의 가치를 지속적으로 유지하고 인정받기 위해 세계자연보전연맹의 권고사항을 충실히 이행하고 체계적 관리와 보전에 힘을 쏟아왔다. 
세계자연유산 구역의 보호를 위한 사유지 매입을 해오고 있으며 거문오름용암동굴계 상부 매입 토지의 친환경 관리 및 경작금지를 위해 공유재산 실태조사를 진행하고 있다. 
2010년부터 세계유산 용암동굴의 균열, 낙석, 대기환경, 안내판 등 월 1회 모니터링을 실시하고 화산지질 및 생물다양성 가치 관리를 위한 학술조사도 지속해서 하고 있다. 
또한 2018년에는 거문오름용암동굴계 상류동굴군 3개소(웃산전굴, 북오름굴, 대림굴)를 세계자연유산으로 발굴 확대 지정해 세계자연보전연맹의 권고사항을 충실히 이행하고 있으며 이러한 내용이 포함된 정기보고서를 2021년 7월 문화재청을 통해 세계유산센터에 제출했다 .
세계유산본부는 제주도의 천혜의 자연환경 가치를 지켜 유네스코 세계자연유산 지위를 유지하고 지난 9월 사우디아라비아 수도 리야드에서 열린 제45차 유네스코 세계유산위원회에서 제주도의 정기보고서가 정식 채택되어 재인정을 받았다. 
앞으로도 제주도가 유네스코 3관왕의 지위를 유지할 수 있도록 세심한 관리 등 노력을 아끼지 않을 것이다.