우리나라 유일의 산호군락지인 서귀포시 문섬 등 그 주변해역이 생태계보전지역으로 보호 관리된다.
서귀포시에 따르면 최근 해양수산부와 협의를 거쳐 문섬 등 주변해역 해양생태계보전지역을 효율적으로 관리하기 위해 생태계보전지역 및 다른 법령에 의한 보호계획들을 포괄하는 통합적인 관리기본계획을 수립했다.

시는 이 계획에 따라 생태계보호관리권역을 핵심지역과 관리지역으로 분리 설정, 보호 관리한다.
시는 이를 위해 지역민대표, 지자체, 학계, 전문가 및 환경단체 등을 포함한 ‘관리자문위원회’를 구성 운영키로 했다.

특히 해양생태계 조사 및 모니터링을 위한 ‘소규모산호연구소 설립’운영, 서식지 훼손방지 및 복원 사업 실시, 관련 행정기관간 네트워크 구축, 복합기능의 방문객 센터 설립을 통한 방문객과 지역 주민에 대한 해양환경 교육 및 홍보가 이뤄지게 된다.

그동안 문섬 등 주변 해역은 대단위 연산호 군락이 발달하고 아열대생물군이 공존하는 수중경관이 매우 뛰어난 곳이나 유람선 및 잠수정 관광, 스쿠버다이빙과 낚시 등 바다환경을 개발하거나 이용하는 사람들이 많아 생태계유지와 자원의 효율적인 이용을 위해 체계적인 관리가 필요했다.

시는 관리기본계획에 따라 올해부터 2007년까지 3년간 총 사업비 70억원을 투자, 방문객 센터건립, 산호복원 및 이식사업, 산호연구 및 해양폐기물 정화사업 등을 연차적으로 추진하게 된다.

▲핵심지역이란

시는 연산호군락이 특히 잘 발달해 있고 자연상태가 뛰어난 지역, 또는 자연상태가 극도로 훼손돼 생태계 회복에 많은 시간을 필요로 하는 곳, 문섬 주위 지선으로부터 50m 일대를 핵심지역으로 지정, 관리한다.
핵심지역에서는 기본적으로 출입행위를 엄격히 규제, 연구활동외에 일정기간동안 일방적인 출입이 금지된다.

핵심지역에서의 연성산호, 뿔산호, 회초리산호류, 거품돌산호류, 해송류, 희드라충류 등 산호군락을 파괴하거나 채취하는 행위, 대형선박의 정박, 전통적인 어업 및 어류 양식활동, 해양관광체험 시설물 설치 등을 일체 하지 못한다.

▲관리지역이란

핵심지역이외의 보호지역으로 생태계 파괴의 최소화와 지속가능한 이용범위내에서 일부활동을 허락하는 지역이다.
이 지역에서는 자원을 남획하는 대규모 어업행위와 산호군락을 채취 또는 파괴하는 일체의 행위를 할 수 없다.

단 핵심지역에서 하지 못하는 전통적인 어업 및 양식활동이 가능함은 물론 레크리에이션 목적의 소규모 어획행위, 레크리에이션 등은 가능하다.